The reply MML quoting added in commit 
ae438cc unintentionally MML
quotes also the signature/encryption MML tags added via
message-setup-hook, causing the reply not to be signed/encrypted.
MML quote just the original message in the temp buffer before
inserting it to the message buffer, to not interfere with message mode
hooks or message construction in general.
See [1] and [2] for bug reports.
Thanks to Tim Bielawa <tbielawa@redhat.com> for testing.
[1] id:"87hay78x6l.fsf@wyzanski.jamesvasile.com"
[2] id:"
1330812262-28272-1-git-send-email-tbielawa@redhat.com".
Signed-off-by: Jani Nikula <jani@nikula.org>
              (goto-char (point-min))
              (setq headers (mail-header-extract)))))
       (forward-line 1)
+      ;; Original message may contain (malicious) MML tags. We must
+      ;; properly quote them in the reply.
+      (mml-quote-region (point) (point-max))
       (setq body (buffer-substring (point) (point-max))))
     ;; If sender is non-nil, set the From: header to its value.
     (when sender
     (push-mark))
   (set-buffer-modified-p nil)
 
-  (message-goto-body)
-  ;; Original message may contain (malicious) MML tags.  We must
-  ;; properly quote them in the reply.  Note that using `point-max'
-  ;; instead of `mark' here is wrong.  The buffer may include user's
-  ;; signature which should not be MML-quoted.
-  (mml-quote-region (point) (mark)))
+  (message-goto-body))
 
 (defun notmuch-mua-forward-message ()
   (message-forward)