ruby: remove Tags object

Not used anymore now that we return an array of strings directly.

Signed-off-by: Felipe Contreras <felipe.contreras@gmail.com>

ruby: tags: return string array directly

Signed-off-by: Felipe Contreras <felipe.contreras@gmail.com>

ruby: add tags helper

Right now it doesn't do much, but it will help for further
reorganization.

Signed-off-by: Felipe Contreras <felipe.contreras@gmail.com>

lib: replace some uses of Query::MatchAll with a thread-safe alternative

This replaces two instances of Xapian::Query::MatchAll with the
equivalent but thread-safe alternative Xapian::Query(std::string()).
Xapian::Query::MatchAll maintains an internal pointer to a refcounted
Xapian::Internal::QueryTerm.

None of this is thread-safe but that wouldn't be an issue if
Xapian::Query::MatchAll wasn't static. Because it's static, the
refcounting goes awry when Notmuch is called from multiple threads.
This is actually documented by Xapian:
https://github.com/xapian/xapian/blob/4715de3a9fcee741587439dc3cc1d2ff01ffeaf2/xapian-core/include/xapian/query.h#L65

While static, Xapian::Query::MatchNothing is safe because it doesn't
maintain an internal object and as such, doesn't use references.

Two best-effort tests making use of TSan were added to showcase the
issue (I couldn't figure out a way to deterministically reproduce it
without making an unmaintainable mess).

First, when two databases are created in parallel, a query that uses
Xapian::Query::MatchAll is made (lib/query.cc), resulting in the
following backtrace on a segfault:
  #0  0x00007ffff76822af in Xapian::Query::get_terms_begin (this=0x7fffe80137f0) at api/query.cc:141
  #1  0x00007ffff7f933f5 in _notmuch_query_cache_terms (query=0x7fffe80137c0) at lib/query.cc:176
  #2  0x00007ffff7f93784 in _notmuch_query_ensure_parsed_xapian (query=0x7fffe80137c0) at lib/query.cc:225
  #3  0x00007ffff7f9381a in _notmuch_query_ensure_parsed (query=0x7fffe80137c0) at lib/query.cc:260
  #4  0x00007ffff7f93bfe in _notmuch_query_search_documents (query=0x7fffe80137c0, type=0x7ffff7fa9b1e "mail", out=0x7ffff666da18) at lib/query.cc:361
  #5  0x00007ffff7f93ba4 in notmuch_query_search_messages (query=0x7fffe80137c0, out=0x7ffff666da18) at lib/query.cc:349
  #6  0x00007ffff7f83d98 in notmuch_database_upgrade (notmuch=0x7fffe8000bd0, progress_notify=0x0, closure=0x0) at lib/database.cc:934
  #7  0x00007ffff7fa110f in notmuch_database_create_with_config (database_path=0x7ffff666dcb0 "/tmp/notmuch.MZ2AGr", config_path=0x7ffff7faab3c "", profile=0x0, database=0x0, status_string=0x7ffff666dc90) at lib/open.cc:754
  #8  0x00007ffff7fa0d6f in notmuch_database_create_verbose (path=0x7ffff666dcb0 "/tmp/notmuch.MZ2AGr", database=0x0, status_string=0x7ffff666dc90) at lib/open.cc:653
  #9  0x00007ffff7fa0ceb in notmuch_database_create (path=0x7ffff666dcb0 "/tmp/notmuch.MZ2AGr", database=0x0) at lib/open.cc:637
  ...

Second, some queries would make use of Xapian::Query::MatchAll
(lib/regexp-fields.cc), resulting in the following backtrace on a
segfault:
  #0  0x00007f629828b690 in Xapian::Internal::QueryBranch::gather_terms (this=0x7f628800def0, void_terms=0x7f629726d5a0) at api/queryinternal.cc:1245
  #1  0x00007f629828c260 in Xapian::Internal::QueryScaleWeight::gather_terms (this=0x7f628800df70, void_terms=0x7f629726d5a0) at api/queryinternal.cc:1434
  #2  0x00007f629828b69f in Xapian::Internal::QueryBranch::gather_terms (this=0x7f628800dd90, void_terms=0x7f629726d5a0) at api/queryinternal.cc:1245
  #3  0x00007f6298282571 in Xapian::Query::get_unique_terms_begin (this=0x7f628800dcd8) at api/query.cc:166
  #4  0x00007f629841a59b in Xapian::Weight::Internal::accumulate_stats (this=0x7f628800dca0, subdb=..., rset=...) at weight/weightinternal.cc:86
  #5  0x00007f62983c15ba in LocalSubMatch::prepare_match (this=0x7f628800df20, nowait=true, total_stats=...) at matcher/localsubmatch.cc:172
  #6  0x00007f62983c8fcc in prepare_sub_matches (leaves=std::vector of length 1, capacity 1 = {...}, stats=...) at matcher/multimatch.cc:237
  #7  0x00007f62983c98a3 in MultiMatch::MultiMatch (this=0x7f629726d9a0, db_=..., query_=..., qlen=3, omrset=0x0, collapse_max_=0, collapse_key_=4294967295, percent_cutoff_=0, weight_cutoff_=0, order_=Xapian::Enquire::ASCENDING, sort_key_=0, sort_by_=Xapian::Enquire::Internal::VAL, sort_value_forward_=true, time_limit_=0, stats=..., weight_=0x7f6288008d50, matchspies_=std::vector of length 0, capacity 0, have_sorter=false, have_mdecider=false) at matcher/multimatch.cc:353
  #8  0x00007f629826fcba in Xapian::Enquire::Internal::get_mset (this=0x7f628800e0b0, first=0, maxitems=0, check_at_least=0, rset=0x0, mdecider=0x0) at api/omenquire.cc:569
  #9  0x00007f629827181c in Xapian::Enquire::get_mset (this=0x7f629726db80, first=0, maxitems=0, check_at_least=0, rset=0x0, mdecider=0x0) at api/omenquire.cc:937
  #10 0x00007f6298be529a in _notmuch_query_search_documents (query=0x7f6288009750, type=0x7f6298bfaafe "mail", out=0x7f629726dcc0) at lib/query.cc:447
  #11 0x00007f6298be4ae8 in notmuch_query_search_messages (query=0x7f6288009750, out=0x7f629726dcc0) at lib/query.cc:349
  ...

Printing Xapian::Query::MatchAll->internal.px->_refs in these
circumstances can help quickly identifying this scenario.

This is motivated by some test frameworks (like Rust's Cargo) that
runs unit tests in parallel and would easily encounter this issue,
unless client code gates every call to Notmuch behind a lock.

This is what can be expected from the tests when they fail:
   == stderr ==
  +==================
  +WARNING: ThreadSanitizer: data race (pid=207931)
  +  Read of size 1 at 0x7b10000001a0 by thread T2:
  +    #0 memcpy <null> (libtsan.so.2+0x62506)
  +    #1 void std::__cxx11::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >::_M_construct<char*>(char*, char*, std::forward_iterator_tag) [clone .isra.0] <null> (libxapian.so.30+0x872b3)
  +
  +  Previous write of size 8 at 0x7b10000001a0 by thread T1:
  +    #0 operator new(unsigned long) <null> (libtsan.so.2+0x8ba83)
  +    #1 Xapian::Query::Query(std::__cxx11::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> > const&, unsigned int, unsigned int) <null> (libxapian.so.30+0x855cd)
  ...

ruby: database: make path arg optional

It can be automatically loaded from the configuration now.

Signed-off-by: Felipe Contreras <felipe.contreras@gmail.com>

ruby: use database_open_with_config

Fixes warning:

  warning: ‘notmuch_database_open’ is deprecated: function deprecated as of libnotmuch 5.4

Signed-off-by: Felipe Contreras <felipe.contreras@gmail.com>

test: add test for notmuch_message_remove_all_properties_with_prefix

It wasn't covered, though it shares most of its implementation with
notmuch_message_remove_all_properties.

lib/message-property: sync removed properties to the database

_notmuch_message_remove_all_properties wasn't syncing the message back
to the database but was still invalidating the metadata, giving the
impression the properties had actually been removed.

Also move the metadata invalidation to _notmuch_message_remove_terms
to be closer to what's done in _notmuch_message_modify_property and
_notmuch_message_remove_term.

test: reveal notmuch_message_remove_all_properties as broken

Close and re-open the database to show that the removal is not
committed to the database.

test: reorganize tests and mark a few of them as broken

notmuch_message_remove_all_properties should have removed the
  testkey1 = testvalue1
property but hasn't. Delay the execution of the corresponding test
to avoid updating a few tests that actually relied on the broken
behavior.

test: remove unnecessary sorting

The other tests rely on a stable output.

test: display key name in property tests

To make the tests a bit easier to understand.

lib/message-property: catch xapian exceptions

Since libnotmuch exposes a C interface there's no way for clients to
catch this.
Inspired by what's done for tags (see notmuch_message_remove_tag).

test: uncaught exception when editing properties of a removed message

These two functions don't fail gracefully when editing a removed
message:
 BROKEN edit property on removed message without uncaught exception
        --- T610-message-property.20.EXPECTED   2023-02-27 11:33:25.792764376 +0000
        +++ T610-message-property.20.OUTPUT     2023-02-27 11:33:25.793764381 +0000
        @@ -1,2 +1,3 @@
         == stdout ==
         == stderr ==
        +terminate called after throwing an instance of 'Xapian::DocNotFoundError'

The other functions appear to be safe.

lib/notmuch: update example

Likely missed in 86cbd215e, when notmuch_query_search_messages_st was
renamed to notmuch_query_search_messages.

emacs/tree: use two argument form of setq-local

Apparently the macro setq-local only takes two arguments in Emacs 26.1

lib: add better diagnostics for over long filenames.

Previously we just crashed with an internal error. With this change,
the caller can handle it better. Update notmuch-new so that it doesn't
crash with "unknown error code" because of this change.

test: add known broken test for diagnostics from over long filenames.

Previously we tested over long directory names, add similar testing
for over long filenames.

emacs: notmuch-tree-outline-mode

With this mode, one can fold trees in the notmuch-tree buffer as if
they were outlines, using all the commands provided by
outline-minor-mode.  We also define a couple of movement commands
that, optional, will ensure that only the thread around point is
unfolded.

The implementation is based on registering a :level property in the
messages p-list, that is then used by outline-minor-mode to to
recognise headers.

Amended by db: Copy docstring to manual and edit for presentation. Add
two tests. Fix typo "wether".

configure: use pkg-config for gpgme

GnuPG upstream has supported pkg-config since gpgme version 1.13 and
gpg-error 1.33, and now prefers the use of pkg-config by default,
instead of relying on gpg-error-config and gpgme-config.

As of libgpg-error 1.46, upstream deliberately does not ship
gpg-error-config by default.  As of gpgme 1.18.0, upstream does not
ship gpgme-config if gpg-error-config is also not present.

Both of these versions of upstream libraries are in debian unstable
now.  To the extent that notmuch is dependent on GnuPG, it should
follow GnuPG upstream's lead.

Signed-off-by: Daniel Kahn Gillmor <dkg@fifthhorseman.net>

test: mark some tests as broken when run as root.

File permission errors e.g., are hard to trigger as root.

lib/message: move xapian call inside try/catch block in _n_m_delete

The call to delete_document can throw exceptions (and can happen in
practice [1]), so catch the exception and extract the error
message. As a side effect, also move the call to _n_m_has_term inside
the try/catch. This should not change anything as that function
already traps any Xapian exceptions.

[1]: id:wwuk039sk2p.fsf@chaotikum.eu

test: add known broken test for exception handling in _n_m_delete

In [1], Thomas Schneider reported an uncaught Xapian exception when
running out of disk space. We generate the same exception via database
corruption.

[1]: id:wwuk039sk2p.fsf@chaotikum.eu

lib/database: propagate status code from _notmuch_message_delete

_notmuch_message_delete can return (at least)
NOTMUCH_STATUS_XAPIAN_EXCEPTION, which we should not ignore.

CLI/git: use --exclude=false when calling notmuch-search

We use notmuch search in two places in notmuch-git.py: to find which
tags have a given prefix, and to see if message with given id exists
locally. In both cases we do not want the presence of exclude tags
(e.g. deleted) to change the results.

doc: mark `--output=summary` as default

`notmuch search` behaves differently depending on the output option: It
either outputs information pertaining to all threads with matching
messages (summary, threads) or to all matching messages (messages,
files, tags). The man page refres solely to the former in the main
description.

Help the user by clearly marking `summary` as the default output option.

Signed-off-by: Michael J Gruber <git@grubix.eu>

emacs/show: use n-s-i-headerline to update tags

Although this has more steps than the previous regular expression
search and replace, it should be more robust against changes in the
headerline format, such as the inclusion of duplicate numbers (which
broke the previous version).

emacs/show: add optional orig-tags argument to n-s-i-headerline

This will support use of this function in notmuch-show-update-tags.

emacs/show: use plist to pass message info to n-s-insert-headerline

This should allow calling notmuch-show-insert-headerline from other
places without duplicating the set of plist accesses.

emacs: move From header addition to after header intern

OTHER-HEADERS are expected to be passed as strings, to match the
implementation of `compose-mail'.  But the "From" header is currently
expected to be passed as a symbol.  Instead the "From" header can be
safely added after converting all the headers to symbols.

cli: add options --offset and --limit to notmuch show

notmuch search does not output header values. However, when browsing
through a large email corpus, it can be time saving to be able to
paginate without running notmuch show for each message/thread.

Add --offset and --limit options to notmuch show. This is inspired from
commit 796b629c3b82 ("cli: add options --offset and --limit to notmuch
search").

Update man page, shell completion and add a test case to ensure it works
as expected.

Cc: Tim Culverhouse <tim@timculverhouse.com>
Cc: Tomi Ollila <tomi.ollila@iki.fi>
Signed-off-by: Robin Jarry <robin@jarry.cc>

emacs: fix dangling overlays in notmuch-search

notmuch-search-insert-authors now sets the evaporate property on the
ellipsis overlays.  Emacs will delete them when the buffer contents
are zeroed out, which happens with `notmuch-refresh-buffer`.  This
prevents them from being collapsed to zero-width overlays in position
1.  See Emacs bug#58479.  An upcoming change in Emacs will make these
dangling overlays visible to the user.

nmweb: Fix spacing around punctuation in headers

emacs: add notmuch-search-edit-search and notmuch-tree-edit-search

...and bind these to "E" in their respective keymaps.

Expected to be called interactively, then using read-from-minibuffer
with current search string as initial contents for editing.
(Noninteractive use makes little sense, but is supported.)

With this one can expand (as an opposite to limit) their
query and have e.g. (some of their) saved searches as search
"templates".

While at it, removed `(defvar notmuch-search-query-string)` from
notmuch-tree.el; it is unused (`notmuch-tree-basic-query` is used
instead).

Thanks to Jose Antonio Ortega Ruiz for his example for notmuch-tree
code, and better interactive use.

nmweb: escape subject in search view

Fix a bug reported by Jakub Wilk [1].

[1]: id:20220822064717.qftn4tr7cs4r2ian@jwilk.net

test: replace aging OpenPGP key used in the test suite

This replaces the old OpenPGPv4 key that is used in the test suite
with a more modern OpenPGPv4 key.  All cryptographic artifacts in the
test suite are updated accordingly.

Having old cryptographic artifacts in the test suite presents a
problem once the old algorithms are rejected by contemporary
implementations.

For reference, this is the old key.

  sec   rsa1024 2011-02-05 [SC]
        5AEAB11F5E33DCE875DDB75B6D92612D94E46381
  uid           [ unknown] Notmuch Test Suite <test_suite@notmuchmail.org> (INSECURE!)
  ssb   rsa1024 2011-02-05 [E]

And this is the new key.  Note that is has the same shape, but uses
Ed25519 and Cv25519 instead of 1024-bit RSA.

  sec   ed25519 2022-09-07 [SC]
        9A3AFE6C60065A148FD4B58A7E6ABE924645CC60
  uid           [ultimate] Notmuch Test Suite (INSECURE!) <test_suite@notmuchmail.org>
  ssb   cv25519 2022-09-07 [E]

test: compute expected keyid from fingerprint

test: add known broken test for indexing text/* attachments

The general problem of indexing attachments requires some help to turn
things into text, but (most?) text/* should be doable internally,
possibly with optimizations as for the text/html case.

test: rename indexing corpus

The corpus is not really suitable for general indexing test since the
sole message is ignored (and will most likely continue to be ignored)
by notmuch-new.

lib: add field processor for lastmod: prefix

By sharing the existing logic used by the sexp query parser, this
allows negative lastmod revisions to be interpreted as relative to the
most recent revision.

lib: factor out lastmod range handling from sexp parser.

This will permit the re-use of the same logic in the infix query
parser. The location of the shared code in the infix side is for
consistency with the other shared parsing logic. It will make more
sense when a Xapian field processor is added for the lastmod prefix.

lib/sexp: provide relative lastmod queries

Test the relatively trivial logic changes for the sexp query parser
first before refactoring that logic to share with the infix query
parser.

lib/open: create database path in some cases

There is some duplication of code here, but not all of the locations
valid to find a database make sense to create. Furthermore we nead two
passes, so the control flow in _choose_database_path would get a bit
convoluted.

lib/open: return non-SUCCESS on missing database path

This simplifies the logic of creating the directory path when it doesn't
exist.

lib/open: refactor call to mkdir into function

This makes the error handling available for re-use. Using
g_mkdir_with_parents also handles the case of a pre-existing
directory. This introduces new functionality, namely creating the
parent directories, which will be useful for creating directories like
'.local/share/notmuch/default'.

test/path-config: set database.mail_root but not database.path

The failing "create database" test replicates a bug reported by Sean
Whitton [1]. The other two failures also look related to the database
being (re)created in the wrong place.

[1]: id:87y1wqkw13.fsf@athena.silentflame.com.

test: add test for creating database in various configurations.

The existing database creation (via add_email_corpus) was always done
in the traditional configuration. The use of xapian-metadata is just
to portably ensure that there is a database created where we expect
there to be.

emacs/show: use read-shell-command instead of read-string

This enables auto-completion of commands, something which plain
read-string does not do. It's otherwise a drop-in
replacement. According to `C-h f`, read-shell-command was introduced
in Emacs 23.1 or earlier.

emacs: new notmuch-tree-process-exit-functions

Hook run when the tree insertion process finishes its job.

--
This patch supersedes <id:20220816214023.1523322-1-jao@gnu.org>, but
changing the new variable name.

Right now, it can be used for silly things like removing or changing
the the "End of search." hardcoded message in the tree buffer.  But
also for more sophisticated things like folding all threads in add-ons
like my outline mode for tree buffers (to be submitted).

Signed-off-by: jao <jao@gnu.org>

debian: update changelog for new build-depends

debian: build-depend on emacs-el

This is hopefully temporary, to work around some bugs related to emacs
28 in Debian.

NEWS: set release date for 0.37

debian: changelog for 0.37-1

version: update to 0.37

NEWS: minimal entries for two emacs changes.

test: increase cffi timeout

By default, the test suite uses 2min for other tests and 5s for cffi
tests. Sporadically, this leads to test failures caused by the timeout
on slower or loaded test infrastructure (as seen on ppc64le in Fedora's
infrastructure during branch time).

Increase the cffi timeout to the same 2m=120s.

Signed-off-by: Michael J Gruber <git@grubix.eu>

changelog for 0.37~rc0-3

debian: changelog for 0.37~rc0-2

debian: upload release candidate to experimental, not unstable

Oops, tagged "upstream" version is incorrect, but it's a minor issue.

debian: changelog stanza for 0.37~rc0-1

version: update to 0.37~rc0

doc/emacs: use define-key instead of hard-coding markup

Add keys to index. Allow indexing of both keys and commands. Use
standard typesetting for multiple keybindings.

doc/emacs: replace use of emacsvar with el:defcustom

Mainly this allows dropping the ad-hoc directive emacsvar

doc/emacs: replace emacscmd with el:define-key

This allows us to eliminate the ad-hoc emacscmd directive / role, and
improve indexing.

doc/emacs: convert remaining uses of emacscmd to define-key

This allows us to remove the no-longer used object type.

doc/emacs: split index category from label

A more verbose category is needed for the index, but not the
description in the manual.

doc/emacs: drop domain label

This makes the generate info files somewhat less verbose, so that they
say e.g. "Key Binding" instead of "Emacs Key Binding"

doc/elisp: replace label for Emacs commands and key bindings.

In the notmuch doc index it is important to be clear which parts are
Emacs related.

doc: copy elisp.py from flycheck, make available

This corresponds to flycheck commit
1702d2db3d8ba9bcb9b2bf810e791e907fcc3adc, which is apparently the last
time this file was modified (2018).

Embedding seems defensible since the file is evidently not changing
that much, and we need to change some labels to make it fit with the
not-just-emacs nature of notmuch docs.

doc: add some documentation about duplicate files.

This is mainly motivated by the new emacs-UI features to select
duplicates, but hopefully it will help demystify things for users of
the CLI as well.

emacs: add docstring for notmuch-show-choose-duplicate

It should have one in any case, but in particular it is needed for the
manual.

emacs/show: restrict inlined mimetypes on refresh.

This fixes the bug reported by Al [1]. Essentially apply the same fix
as [2] in a different place.

[1]: id:877d41nmr1.fsf@gmail.com
[2]: 90a7c1af368a527700dcde9b0dcbd760afc7bd92

test/emacs: add known broken test for inlining on refresh.

This duplicates the bug reported by Al [1]

[1]: id:877d41nmr1.fsf@gmail.com

emacs: add duplicate support to notmuch-show-view-raw-message

This fixes one of the bugs reported by Gregor in [1]

[1]: id:87edxw8jp4.fsf@no.workgroup

emacs/show: provide a more friendly function to get duplicate num

There is not much code here, but at least we can fix the indexing as 1
based.

test/emacs: add known broken test for viewing raw duplicate

This duplicates one of the bugs reported by Gregor in [1].

[1]: id:87edxw8jp4.fsf@no.workgroup

emacs: update notmuch-show-get-filename to handle duplicates

This fixes one of the bugs reported by Gregor in [1].

[1]: id:87edxw8jp4.fsf@no.workgroup

test/emacs: add known broken test for stashing duplicate filename

This duplicates (no pun intended) one of the bugs reported by Gregor
in id:87edxw8jp4.fsf@no.workgroup

NEWS: initial set of NEWS for 0.37.

There are one or two more changes to apply (and potentially document)
before release, but this covers most of my commits.

doc/notmuch: merge two sections on external commands.

When adding the description of the propagation of NOTMUCH_CONFIG, I
missed that there was already a section on external commands, with a
different title.

tests: remove dead code from T055-path-config.sh

This case statement does nothing.

notmuch.c: add missing trailing newlines in two error messages

Removed duplicate error check (and the message) in 3rd case where
the same error message (w/o trailing newline) was present.

In case of test/T040-setup.sh, command substitution deletes
trailing newlines, so related test there cannot be changed
(and therefore could not notice this user experience flaw).

doc/emacs: add docstring for notmuch-unthreaded-result-format.

The main change is actually updating cross references.

emacs: update defcustom for notmuch-unthreaded-result-format

This is essentially a copy of that for notmuch-tree-result-format,
aside from the default value.

doc/emacs: add docstring and example for n-tree-result-format

This example is based on one originally by Jon Hurst.

emacs: update defcustom for notmuch-search-result-format.

It seems redundant to have the previous example, since the default
value is always show by describe variable.

Enforce more restrictions on the keys in the alist, since arbitrary
strings don't work as field names.

Document that functions can be used in lieu of field names.

doc/emacs: add docstring and example for n-search-result-format

When the ability to use functions was added, this example was confined
to a commit message, which is not user discoverable.

emacs: update defcustom for notmuch-search-result-format.

It seems redundant to have the previous example, since the default
value is always show by describe variable.

Enforce more restrictions on the keys in the alist, since arbitrary
strings don't work as field names.

Document that functions can be used in lieu of field names.

emacs/reply: reply to correct duplicate

Essentially we just need to arrange to pass the right --duplicate
argument to notmuch reply.

As a side-effect, correct the previously unused value of EXPECTED in
T453-emacs-reply.sh.

CLI/reply: support --duplicate argument

We want the reply used to match that shown e.g. in the emacs
interface. As a first step provide that functionality on the command
line.

Schema does not need updating as the duplicate key was already
present (with a constant value of 1).

emacs/show: display count of duplicates in headerline

There is no real cost here, except screen real estate. Some people
might prefer hiding the duplicate count, but we leave that for a
future commit.

emacs/show: provide notmuch-show-choose-duplicate

This new command allows the user to interactively choose a different
duplicate (file) to display for a given message in
notmuch-show-mode. Since both tree and unthreaded view use
notmuch-show-mode, this provides the same facility there.

CLI/show: support --duplicate for structured output

This introduces a new mandatory key for message structures, namely
"duplicate". Per convention in devel/schemata this does _not_ increase
the format version. This means that clients are responsible for
checking that it exists, and not crashing if it does not.

The main functional change is teaching mime_node_open to understand a
'duplicate' argument.

Support for --duplicate in notmuch-reply would make sense, but we
defer it to a later commit.

CLI/show: initial support for --duplicate for (raw output only)

Add command line argument --duplicate, analogous with that already
supported for notmuch-search.

Use of a seperate function for _get_filename is mainly a form of
documentation at this point.

md5sum is of course a weak hash, but it is good enough for
this (non-adversarial) test suite use.

CLI/git: opportunistically use bindings to check for known messages

If the bindings are installed, use them to avoid one exec of notmuch
search per message.

CLI/git: current cache contents of index

Rather than shelling out once per message to get the list of files
corresponding to tags, it is much faster (although potentially a bit
memory intensive) to read them all at once.

perf-test: add tests notmuch-git

The main focus of these initial tests is the (currently unacceptably
slow) checkout performance.

doc/emacs: add notmuch-show-empty-saved-searches to manual

Answering a user question, I had to dig for this variable, but I think
it is a reasonably common customization wish, particularly for users
with custom count-functions.

doc/emacs: define and use emacsvar and emacscmd markup

This makes it easier to navigate the merged index of all of the
notmuch documentation.

doc: do not generate python module index

This currently seems unhelpful, and not generating it removes if from
the navigation bar, which prevents mis-clicking.

doc: drop module index from ToC

There is only one module listed, so the index is not useful.